Shine Jogja dirintis pada tahun 1999 dengan misi menjangkau mahasiswa/kaum muda di Yogyakarta. Sejak tahun 1999 telah membina lebih dari 30 mahasiswa yang setelah menamatkan studi di Yogyakarta kembali ke daerah asal masing-masing atau bergabung dengan Shine di Jakarta. Tahun 2003 setelah  terjadi pergantian kepemimpinan, pelayanan misi mahasiswa dan kaum muda yang telah ada kemudian lebih bergerak ke arah pelayanan sosial transformatif.

Pada tahun 2006 Shine Jogja terlibat aktif dalam bantuan korban bencana gempa bumi di Yogyakarta dengan program Shine Aid, yang membantu meringankan beban korban gempa di empat dusun di Imogiri, Kabupaten Bantul. Sejak akhir 2006 juga Shine Jogja memulai pelayanan anak jalanan, yang kemudian digerakkan dengan bendera LSM Rumah Impian (Dreamhouse). Pelayanan ini kini menjadi warna tersendiri dari Shine Jogja.

Kunjungi fan page kami di facebook, "Shine Jogja on Facebook", atau ikuti kami di twitter: http://twitter.com/shinejogja